Partner: Fondazione Agrion, Università degli Studi di Torino – DISAFA, Confagricoltura
Il progetto RisEPP, della durata triennale, ha voluto valorizzare gli ecotipi tradizionali piemontesi di peperone, in modo tale da renderli più competitivi nei confronti di nuove varietà. Tale finalità è stata raggiunta mediante l’applicazione di tecniche innovative di analisi genomica, in grado di analizzare le basi che influenzano:
- le caratteristiche organolettiche e nutraceutiche del prodotto (anche legate alle interazioni genotipo-ambiente di coltivazione);
- le risposte della pianta ai patogeni.
Le attività del progetto RisEPP sono state suddivise in tre working package (WP):
- risequenziamento genomico: risequenziamento del genoma delle quattro tipologie piemontesi di peperone (“Corno”, “Quadrato di Carmagnola”, “Cuneo” e “Tumaticot”). Il DNA, estratto da ciascun genotipo, è stato impiegato per la costruzione di librerie genomiche; i dati genomici sono stati utilizzati per eseguire un “assemblaggio” assistito, per generare le sequenze genomiche di riferimento per gli ecotipi studiati. Sono stati quindi individuati marcatori genotipo-specifici;
- analisi genomica dei geni di resistenza/suscettibilità: approfondimento delle conoscenze a livello genomico dei geni di resistenza presenti in peperone ed in particolare di quelli appartenenti alla categoria PRR. Inoltre è stato realizzato un risequenziamento di regioni genomiche;
- analisi trascrittomica in molteplici condizioni colturali e analisi della qualità della bacca: analisi dell’espressione genica (RNA-seq) utilizzando la tipologia “Cuneo”, posta in differenti situazioni (stress idrico e termico). Estrazione dell’RNA da genotipi appartenenti alla linea pura, ed allevati nelle differenti condizioni sperimentali; RNA successivamente utilizzato per la costruzione di librerie cDNA direzionali.
Grazie alle conoscenze acquisite è stato possibile identificare e selezionare genotipi caratterizzati da elevati standard di qualità e quantità di produzione, contribuendo alla sostenibilità delle produzioni. Inoltre, sono state utilizzate tecniche di analisi molecolare che hanno consentito di tracciare ciascun ecotipo e i relativi prodotti trasformati lungo la filiera produttiva.
I risultati conseguiti hanno restituito un modello di riferimento anche per la valorizzazione di altri ecotipi di specie erbacee ed arboree ed hanno avuto impatto scientifico e mediatico, sia nell’ambito della comunità scientifica nazionale ed internazionale che tra gli operatori del settore.